Recursos de AWS HealthOmics
Documentación
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Guía del usuario
Aprenda a utilizar AWS HealthOmics en esta guía paso a paso para desarrolladores.
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Referencia de la API
Lea esta guía de referencia para las API y los parámetros de AWS HealthOmics.
Tutoriales
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Taller integral de HealthOmics
Comience con los flujos de trabajo y el almacenamiento de HealthOmics
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Tutoriales de HealthOmics
Repositorio de código abierto en GitHub con código de ejemplo que muestra cómo almacenar, procesar y consultar conjuntos de datos genómicos y biológicos con AWS HealthOmics
Herramientas
Herramientas de flujo de trabajo
Flujos de trabajo de descubrimiento de fármacos
Utilice esta colección de flujos de trabajo de AWS HealthOmics para acelerar el descubrimiento de fármacos
Ejemplos de flujos de trabajo
Cree flujos de trabajo privados basados en ejemplos de flujos de trabajo de código abierto de HealthOmics
Analizador de ejecución
El analizador de ejecución es una herramienta de optimización del rendimiento de ejecución que recupera los registros de los manifiestos de ejecución de CloudWatch y genera estadísticas para una ejecución, incluida la utilización de la CPU y la memoria para cada tarea de flujo de trabajo.
WDL Linter
Utilice el WDL linter de HealthOmics para detectar errores de flujo de trabajo comunes antes de ejecutar los flujos de trabajo
Nextflow Linter
Lint para errores comunes de Nextflow antes de ejecutar un script de flujo de trabajo
Herramientas de ayuda ECR
Migre los contenedores existentes a su repositorio de ECR privado mediante la herramienta de ayuda ECR
Herramienta para volver a ejecutar
Vuelva a ejecutar las ejecuciones archivadas desde los registros de manifiestos de CloudWatch
Herramientas de almacén de datos
Leer sobre Set Transfer Manager
Descargue con facilidad archivos de un conjunto de referencia o lectura de AWS HealthOmics
Importador impulsado por eventos
Aplicación CDK que demuestra una arquitectura basada en eventos que automatiza la importación de datos a los almacenes de secuencias de AWS HealthOmics cuando se crean objetos en Amazon S3.
Generador de manifiestos Sequence Store
Genera un manifiesto json para los trabajos de importación del almacén de secuencias de AWS HealthOmics
Buscador de conjuntos de lectura duplicados de Sequence Store
Identifica los conjuntos de lectura duplicados almacenados en los almacenes de secuencias de AWS HelaThomics
Soluciones
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Orientación para una malla de datos de laboratorio en AWS
En esta guía se demuestra cómo crear un sistema de administración de datos científicos que integre los datos de los instrumentos de laboratorio y los sistemas de software, como los cuadernos electrónicos de laboratorio (ELN) y los sistemas de gestión de la información de laboratorio (LIMS), con HealthOmics.
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Guía para laboratorios digitales conectados en AWS
Esta guía sierve para ayudarlo a conectar los instrumentos de datos de las ciencias biológicas y los archivos de sistemas de laboratorio a la nube de AWS, ya sea a través de Internet o de una conexión directa con baja latencia.
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Guidance for Migration & Storage of Sequence Data with AWS HealthOmics
En esta guía, se muestra cómo importar datos de secuencias ómicas de Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) al almacenamiento de AWS HealthOmics.
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Guidance for Multi-Modal Data Analysis with AWS Health and ML Services
En esta guía, se muestra cómo configurar un marco integral para analizar los datos multimodales sanitarios y de ciencias biológicas (HCLS).
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Guía para flujos de trabajo de biocomputación en AWS
En esta guía, se muestra cómo puede crear y ejecutar flujos de trabajo de biocomputación de nivel de producción a escala y utilizar los servicios de AWS para la automatización, el análisis de flujos de trabajo, el almacenamiento y la observabilidad operativa y de costos.
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Guidance for Multi-Modal Data Analysis with AWS Health and ML Services
En esta guía, se muestra cómo configurar un marco integral para analizar los datos multimodales sanitarios y de ciencias biológicas (HCLS).
Novedades
AWS HealthOmics ahora admite la detección de versiones de DSL y Nextflow
13/08/24
AWS HealthOmics ahora admite el almacenamiento de ejecución dinámica para flujos de trabajo privados
30/04/24
AWS HealthOmics ahora admite el uso compartido entre cuentas para flujos de trabajo privados
30/04/24
AWS HealthOmics ahora ofrece información adicional para las ejecuciones de flujos de trabajo
23/02/24
AWS HealthOmics ahora admite el flujo de trabajo Ready2Run de Ultima Genomics DeepVariant
05/02/24
AWS HealthOmics ya está disponible en la región de Israel (Tel Aviv)
26/09/23
AWS HealthOmics ahora ofrece archivo y retención de la ejecución del flujo de trabajo
30/08/23
AWS HealthOmics ahora admite el control de versiones de los almacenes de anotaciones
15/08/23
AWS HealthOmics admite el uso compartido entre cuentas de las tiendas de análisis de datos ómicos
15/08/23
Publicaciones del blog
Acelerar el descubrimiento de fármacos con los esquemas de AWS HealthOmics y NVIDIA
7/10/2024
Crear un banco de trabajo bioinformático seguro y de bajo código en AWS HealthOmics
2/10/2024
Revolucionar la biología generativa con AWS y EvolutionaryScale
25/06/2024
How Takeda Pharmaceuticals Accelerates Large-Scale Bioinformatics with AWS HealthOmics
19/06/2024
Unlock Powerful Genomic Insights with AWS HealthOmics Analytics and Amazon EMR
30/05/2024
“Orchestrating Multiple AWS HealthOmics Workflows at Scale”
07/05/24
Democratize Omics Data Analysis with Basepair on AWS HealthOmics
29/04/2024
“Store omics data cost effectively at any scale with AWS HealthOmics”
24/01/24
fMRI Data Preprocessing on AWS using AFNI and AWS HealthOmics
08/01/24
New Tools to Accelerate Workflow Migrations to AWS HealthOmics
13/12/23
Multimodal Data Analysis with AWS Health and Machine Learning Services
16/10/23
Secure Your Genomic Workflows and Data with AWS HealthOmics
09/10/23
Videos
Overcoming the Scientific and IT Challenges Associated with Scaling Omics Analysis (22:11)
Revolutionizing precision medicine: Sonrai uses AWS for drug discovery (3:03)
AWS re:Invent 2023 - Omics innovation with AWS HealthOmics: Amgen’s path to faster results
AWS re:Invent 2023 - Building a precision medicine platform using AWS HealthOmics
AWS HealthOmics End to End Workshop - Presentation (43:27)
AWS On Air ft. AWS HealthOmics & Open Data (20:07)
Using AWS HealthOmics for Genomics End-to-End (2:03:06)
AWS On Air ft. Ready2Run Workflows on AWS HealthOmics (26:34)