No es ninguna sorpresa que la secuenciación de última generación, también denominada secuenciación de alto rendimiento, sea una actividad que necesita una gran cantidad de cálculos. “Generamos una enorme cantidad de datos”, afirma Jorge Jiménez Almazán, director de bioinformática de Igenomix. “Llevamos a cabo seis series de secuenciaciones a la semana para un solo producto. Cada serie genera 100 gigabytes de datos.” Pero eso es solo el comienzo. El tratamiento adicional, principalmente a efectos de control de calidad, significa que la empresa acaba teniendo cinco veces esa cantidad de datos para cada secuencia. “La tecnología NGS constituye un cambio enorme en nuestro sector,” afirma Jiménez Almazán. “Tiene un gran potencial, pero el coste de ejecutar esta tecnología en servidores físicos es astronómico. Tratar terabytes de datos a la semana de este modo no sería posible sin una gran cantidad de dinero.”
Igenomix quería estar a la vanguardia de la investigación sin realizar una inversión importante en infraestructura. “Nuestro reto es ir un paso por delante de otros agentes de nuestro sector, por lo que necesitábamos encontrar la manera en que la tecnología NGS funcionara,” afirma Daniel Seguí Real, director informático, Igenomix. “Esto significaba encontrar una solución sólida pero adaptable que pudiera crecer a la vez que nuestras necesidades. Cambiarnos a la nube parecía el camino evidente."
“Buscamos al proveedor de servicios de nube con la cartera más consolidada y con el mejor soporte para software abierto,” señala Seguí Real sobre la elección de Igenomix de Amazon Web Services (AWS). La fiabilidad también era una prioridad importante para el director informático. “Si no trabajas en el sector de la investigación, puede que una fiabilidad del 100 no sea algo esencial, pero para nosotros era indispensable saber que las herramientas que íbamos a usar estuvieran acreditadas. En todos nuestros criterios, AWS superó a la competencia con un margen bastante amplio.”
Igenomix ejecuta sus cargas de trabajo de NGS usando Amazon Elastic Compute Cloud (Amazon EC2) en la región de la UE (Irlanda) y la copia de seguridad se realiza en Amazon Simple Storage Service (Amazon S3). Jiménez Almazán afirma: “Tenemos unos 7 terabytes de datos en Amazon EC2 y casi 60 terabytes almacenados en Amazon S3, donde es necesario mantenerlos durante al menos dos años, de conformidad con la ley española.”
La organización comprobó que la puesta en marcha de AWS fue un proceso rápido. “Trabajamos con un socio para configurar nuestra infraestructura,” señala Seguí Real. “Tardamos solo dos semanas desde que establecimos nuestras necesidades hasta la ejecución de nuestras primeras cargas de trabajo de NGS. Nuestro socio nos sigue prestando soporte constante para evolucionar nuestra plataforma en AWS.” Dentro de poco, Igenomix se cambiará a Amazon Elastic File System (Amazon EFS) para aumentar su flexibilidad de almacenamiento.
Igenomix se beneficia de un análisis más rápido. “Gracias a AWS podemos continuar acelerando nuestra investigación sobre la secuenciación del genoma,” afirma Seguí Real. “Antes tardábamos 12 horas en analizar 4 muestras de 600 genes. Ahora podemos analizar 24 muestras de 600 genes en el mismo tiempo. Como consecuencia, hemos experimentado un aumento del 600% en el número de muestras que podemos analizar. Esto significa que podemos ofrecer un mejor servicio a nuestros clientes y aumentar nuestros ingresos, ya que el número de muestras que podemos tratar es mayor. Y lo que es más importante, significa que podemos recopilar más información sobre genes en un menor espacio de tiempo y así acelerar nuestro conocimiento de la genética.”
El uso del Cloud de AWS permite a Igenomix centrarse en seguir investigando en lugar de gestionar su infraestructura informática. Al evitar una inversión importante en dar soporte a sus cargas de trabajo de NGS en el lugar de trabajo, Igenomix puede destinar más presupuesto a la investigación y, posteriormente, ayudar a más personas en todo el mundo a tener hijos sanos. Seguí Real afirma, “No hemos tenido que hacer una inversión en un centro de datos, lo que podría haber costado cientos de miles de euros. Ni tampoco tenemos los costes continuos de mantenimiento derivados de la gestión de nuestras cargas de trabajo de elevado rendimiento en el lugar de trabajo ni el riesgo asociado. Nos beneficiamos por partida doble. Disponemos de más dinero para la investigación y, además, no vamos a tener nunca un problema de capacidad que no se pueda resolver de manera casi instantánea.”
Además de su laboratorio en España, Igenomix tiene actualmente tres centros en Estados Unidos, así como en Brasil, Canadá, India, Japón, México, Oriente Medio y el Reino Unido. Seguí Real afirma, “Todas las áreas de la empresa están en fase de crecimiento y al emplear AWS tenemos el espacio necesario para crecer.” Aunque las principales instalaciones de análisis de la sociedad se encuentran en España, Seguí Real señala que sería sencillo transferir análisis a cualquier parte del mundo. “Eso es lo fantástico de AWS,” afirma. “Su alcance mundial significa que podemos crear centros de análisis en cualquier lugar que necesitemos. Esto nos ofrece gran flexibilidad y nos permite adecuarnos a las necesidades comerciales.”