Relay Therapeutics utiliza AWS para acelerar el descubrimiento de fármacos

Relay Therapeutics es una empresa de medicina de precisión que transforma el proceso de descubrimiento de fármacos mediante el aprovechamiento de información inédita sobre el movimiento de las proteínas. Antes de probar compuestos prometedores en el laboratorio, los científicos tienen que considerar un universo molecular de puntos de partida disponibles que se acerca a los 10 000 millones de compuestos. Tienen que filtrar este extenso conjunto hasta los 100-200 compuestos con más probabilidades de unirse al objetivo biológico.

Al analizar más compuestos, los científicos aumentan las posibilidades de encontrar las moléculas adecuadas para probarlas en el laboratorio. En un típico centro de datos local, con miles de CPU, el análisis de mil millones de compuestos podría llevar meses. La implementación de suficientes CPU en un centro de datos local también sería prohibitivo desde el punto de vista de los costes, sobre todo debido a la naturaleza “explosiva” de los análisis.

Normalmente, en los entornos informáticos tradicionales, las empresas farmacéuticas examinan virtualmente unos cuantos millones de compuestos a la vez. Relay Therapeutics estaba decidida a escalar esa cifra hasta los miles de millones y recurrió a Amazon Web Services (AWS) para resolver el desafío. “El principal factor para elegir AWS en lugar de otros proveedores de la nube es el apoyo que recibimos desde el principio”, afirma Pat Walters, vicepresidente sénior de informática de Relay Therapeutics. “Y ha seguido ayudándonos a que nuestros procesos funcionen con más eficacia”.

En AWS, la empresa también simplificó el examen virtual para que los científicos puedan utilizar scripts de código abierto para iniciar el análisis en AWS Batch. A continuación, los científicos analizan rápidamente los datos mediante el aprovechamiento de Amazon Athena, un servicio de consulta sin servidor y sin infraestructura que gestionar. 

Pierce estima que las instancias de Amazon EC2 Spot reducen los costos de computación en un 50 % en comparación con la realización de un examen virtual en las instalaciones. AWS y Relay Therapeutics también crearon comprobaciones de parámetros en el proceso para evitar que los costos de análisis superaran la cantidad presupuestada. “Nos alertan si un trabajo va a superar un umbral de gasto establecido”, explica Walters. “Eso nos dice que un parámetro está fuera de lugar para que podamos suspender el trabajo o hacer un ajuste sobre la marcha”.

Desde la implementación de la solución informática de alto desempeño de AWS, Relay Therapeutics ha ejecutado múltiples exámenes de cinco mil millones de compuestos. Gracias a la escalabilidad que ofrece AWS, los científicos pueden ejecutar los exámenes en múltiples instantáneas del mismo objetivo proteico en movimiento.  

Hace unos años, el equipo de Relay Therapeutics no creía que fuera posible realizar un examen virtual a la escala que la empresa ha alcanzado ahora, con científicos que analizan tablas con mil millones de filas. “Incluso ordenar una tabla con miles de millones de filas no es un ejercicio trivial”, subraya Walters. “Gracias a las tecnologías de AWS, podemos tratar toda esa información de forma eficiente, lo que nos ayuda a esforzarnos por alcanzar nuestro objetivo final: hacer llegar los medicamentos a los pacientes más rápido de lo que creíamos posible”.