Publié le: Oct 2, 2018
Ce Quick Start déploie Dynamic Read Analysis for GENomics Complete Suite (DRAGEN CS), une plateforme d’analyse de données distribuée par Illumina, sur le cloud AWS en 15 minutes environ.
DRAGEN CS permet de réaliser une analyse ultra rapide de données de séquençage nouvelle génération (NGS), de réduire significativement le temps nécessaire à l’analyse de données génomiques et d’améliorer la précision. La suite comprend des pipelines bio-informatiques fournissant des algorithmes hautement optimisés pour le mappage, l’alignement, le tri, le marquage dupliqué et l’appel de variante haplotype. Ces pipelines incluent DRAGEN Germline V2, DRAGEN Somatic V2 (Tumor et Tumor/Normal), DRAGEN Virtual Long Read Detection (VLRD), DRAGEN RNA Gene Fusion, DRAGEN Joint Genotyping et GATK Best Practices.
Le Quick Start crée un environnement AWS qui s’étend sur deux zones de disponibilité pour une disponibilité élevée et provisionne deux environnements de calcul AWS Batch pour les instances Spot et à la demande. Ces environnements incluent les instances DRAGEN F1 connectées à des réseaux de portes programmables in situ (FPGA ou Field-programmable gate array) pour favoriser l’accélération matérielle.
Pour commencer :
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- Consultez le manuel de déploiement pour obtenir des instructions détaillées