Risorse di AWS HealthOmics
Documentazione
-
Guida per l'utente
Scopri come usare AWS HealthOmics con questa guida dettagliata per gli sviluppatori.
-
Documentazione di riferimento delle API
Leggi questa guida di riferimento per API e parametri di AWS HealthOmics.
Tutorial
-
Workshop end-to-end di HealthOmics
Inizia a utilizzare i flussi di lavoro e l'archiviazione di HealthOmics
-
Tutorial HealthOmics
Repository open source su Github con codice di esempio che mostra come archiviare, elaborare ed eseguire una query per set di dati genomici e biologici utilizzando AWS HealthOmics
Strumenti
Strumenti del flusso di lavoro
Flussi di lavoro per la scoperta di farmaci
Utilizza questa raccolta di flussi di lavoro AWS HealthOmics per accelerare la scoperta di farmaci
Flussi di lavoro di esempio
Crea flussi di lavoro privati basati su esempi di flussi di lavoro open source di HealthOmics
Run Analyzer
Run Analyzer è uno strumento di ottimizzazione delle prestazioni di esecuzione che recupera i log dei manifesti di esecuzione da CloudWatch e genera statistiche per un'esecuzione, incluso l'utilizzo della CPU e della memoria per ogni attività del flusso di lavoro
Linter WDL
Utilizza il linter WDL di HealthOmics per rilevare gli errori più comuni dei flussi di lavoro prima di eseguirli
Nextflow linter
Esegui il lint per rilevare gli errori comuni di Nextflow prima dell'esecuzione di uno script di flusso di lavoro
Assistente ECR
Migra i container esistenti nel tuo repository ECR privato utilizzando lo strumento di supporto ECR
Eseguire nuovamente lo strumento
Esegui nuovamente le esecuzioni archiviate dai log del manifesto di esecuzione di CloudWatch
Strumenti per l'archiviazione di dati
Gestione trasferimenti set di lettura
Effettua facilmente il download di file da un set di riferimento o lettura di AWS HealthOmics
Importatore basato sugli eventi
App CDK che dimostra un'architettura basata sugli eventi che automatizza l'importazione dei dati negli archivi di sequenze di AWS HealthOmics quando vengono creati oggetti in Amazon S3.
Generatore di manifesti dell'archivio di sequenze
Genera un manifesto json per i processi di importazione dell'archivio di sequenze di AWS HealthOmics
Strumento di ricerca dei set di lettura duplicati in archivi di sequenze
Identifica i set di lettura duplicati archiviati negli archivi di sequenze AWS HealthOmics
Soluzioni
-
Linee guida per un data mesh di laboratorio su AWS
Questa guida dimostra come costruire un sistema di gestione dei dati scientifici che integri sia i dati degli strumenti di laboratorio che i sistemi software, come i quaderni elettronici di laboratorio (ELN) e i sistemi di gestione delle informazioni di laboratorio (LIMS), con HealthOmics.
-
Guida per un laboratorio digitale connesso su AWS
Questa guida aiuta a connettere strumenti di dati e file di sistema di laboratorio per le scienze della vita al cloud AWS, tramite Internet o una connessione diretta a bassa latenza.
-
Guida per la migrazione e l'archiviazione dei dati di sequenza con AWS HealthOmics
Questa guida dimostra come importare dati di sequenze omiche da Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) in AWS HealthOmics Storage.
-
Guida per l'analisi multi-modale dei dati con AWS Health e i servizi ML
Questa guida dimostra come impostare un framework end-to-end per analizzare i dati multi-modali relativi all'assistenza sanitaria e alle scienze della vita (HCLS).
-
Guida per i flussi di lavoro di bioinformatica su AWS
Questa guida mostra come creare ed eseguire flussi di lavoro bioinformatici su larga scala di livello produttivo e come utilizzare i servizi AWS per l'automazione, l'analisi dei flussi di lavoro, l’archiviazione e l'osservabilità operativa e dei costi.
-
Guida per l'analisi multi-modale dei dati con AWS Health e i servizi ML
Questa guida dimostra come impostare un framework end-to-end per analizzare i dati multi-modali relativi all'assistenza sanitaria e alle scienze della vita (HCLS).
Novità
AWS HealthOmics ora supporta il rilevamento delle versioni DSL e Nextflow
13/08/24
AWS HealthOmics ora supporta l'archiviazione dinamica delle esecuzioni per flussi di lavoro privati
30/04/24
AWS HealthOmics ora supporta la condivisione tra account per flussi di lavoro privati
30/04/24
AWS HealthOmics annuncia il supporto per la lettura di archivi di sequenze tramite le API Amazon S3
15/04/24
AWS HealthOmics ora fornisce informazioni aggiuntive per l'esecuzione dei flussi di lavoro
23/02/24
AWS HealthOmics ora supporta il flusso di lavoro Ultima Genomics DeepVariant Ready2Run
05/02/24
AWS HealthOmics è disponibile nella regione Israele (Tel Aviv)
26/09/23
AWS HealthOmics offre l'esecuzione, l'archiviazione e la conservazione dei flussi di lavoro
30/08/23
AWS HealthOmics supporta il controllo delle versioni degli archivi di annotazioni
15/08/23
AWS HealthOmics supporta la condivisione tra account di archivi di analisi Omics
15/08/23
Post del blog
Accelerazione della ricerca sui nuovi farmaci con AWS HealthOmics e blueprint NVIDIA
07/10/2024
Creazione di un workbench di bioinformatica sicuro e a basso codice su AWS HealthOmics
02/10/2024
Rivoluzionare la biologia generativa con AWS ed EvolutionaryScale
25/06/2024
Come Takeda Pharmaceuticals accelera la bioinformatica su larga scala con AWS HealthOmics
19/06/2024
Sbloccare potenti approfondimenti genomici con AWS HealthOmics Analytics e Amazon EMR
30/05/2024
Orchestrare più flussi di lavoro AWS HealthOmics su larga scala
07/05/24
Democratizzare l'analisi dei dati omici con Basepair su AWS HealthOmics
29/04/2024
Archiviare dati omici in modo conveniente su qualsiasi scala con AWS HealthOmics
24/01/24
Pre-elaborazione dei dati fMRI su AWS utilizzando AFNI e AWS HealthOmics
08/01/24
Nuovi strumenti per accelerare le migrazioni dei flussi di lavoro verso AWS HealthOmics
13/12/23
Analisi multimodale dei dati con AWS Health e i servizi di Machine Learning
16/10/23
Proteggi i tuoi flussi di lavoro e dati genomici con AWS HealthOmics
09/10/23
Video
Superare le sfide scientifiche e di IT associate alla scalabilità dell'analisi omica (22:11)
Rivoluzionare la medicina di precisione: Sonrai utilizza AWS per la scoperta di farmaci (3:03)
AWS re:Invent 2023 - Innovazione omica con AWS HealthOmics: il percorso di Amgen verso risultati più rapidi
AWS re:Invent 2023 - Creazione di una piattaforma di medicina di precisione utilizzando AWS HealthOmics
Workshop end-to-end di AWS HealthOmics - Presentazione (43:27)
AWS On Air, AWS HealthOmics e dati aperti (20:07)
Utilizzo di AWS HealthOmics per la genomica end-to-end (2:03:06)
AWS On Air, Flussi di lavoro Ready2Run di AWS HealthOmics (26:34)