Vertex Pharmaceuticals が AWS を利用して cryo-EM データの保存と処理のコストを 50% 削減

Vertex は AWS に移行することで、Amazon Simple Storage Service (Amazon S3) にデータが到達する場所のより近くにワークロードを移行しました。Amazon S3 は、業界をリードするスケーラビリティ、データの可用性、セキュリティ、パフォーマンスを提供するオブジェクトストレージサービスです。また、Vertex は Amazon FSx for Lustre も使用しています。Amazon FSx for Lustre は、世界でも有数の人気を誇る高性能ファイルシステム上に構築されたフルマネージド型の共有ストレージで、科学者が多くの分析を行うときに必要なだけの量のストレージリソースを提供します。

処理が完了すると、Vertex はデータを Amazon S3 に送り返します。同社は、Amazon S3 ライフサイクルポリシー (Amazon S3 がオブジェクトのグループに適用するアクションを定義する一連のルール) を使用してデータを効率的にソートしています。「Amazon S3 ライフサイクルポリシーを使用することで、データをさまざまな階層に配置して、ストレージのコストを削減できます」と Iturralde 氏は述べています。また、同社はストレージをシームレスにスケールできるため、データセンターのオーバーヘッドを抑えることができます。

データ処理のためのコンピューティングを管理するために、Vertex は AWS ParallelCluster を利用しています。AWS ParallelCluster は、伸縮性の高い HPC クラスターを AWS に簡単にデプロイして管理できるようにする、オープンソースのクラスター管理ツールです。分析ソフトウェアの要求に応じて HPC ノードをスピンアップおよびスピンダウンします。「作業が完了した後には、支払額をほぼゼロに戻すことができます」と Iturralde 氏は述べています。「科学の進歩が当社のリソースを圧迫したり、インフラストラクチャの維持に労力をかけたりすることを心配しなくてもよいのです」。

コンピューティングコストをワークロードの需要に合わせることで、Vertex はコストを 50% 削減しました。さらに、以前のアーキテクチャと比較して、そのパフォーマンスは 2 倍向上しました。また、Vertex は、cryo-EM チームが他のグループとリソースを共有する際にオンプレミス環境で頻繁に生じていたボトルネックを解消しました。「これまでは、他の誰もリソースを使用していなくても、cryo-EM データの分析には数週間かかっていました」と Posson 氏は述べています。「今では、AWS を利用してデータを 1 週間以内に確実に提供できるようになりました」。

Vertex は、Amazon Cognito を使用したネイティブなシングルサインオンサポートを追加しました。Amazon Cognito は、ウェブアプリやモバイルアプリにサインアップ、サインイン、アクセスコントロールを迅速かつ簡単に追加するために企業が利用できるサービスです。「Amazon Cognito を利用することで、適切な従業員だけがソフトウェアにアクセスできるという安心感がさらに高まります」と Iturralde 氏は述べています。これに加えて、Vertex は Application Load Balancer を使用しています。Application Load Balancer は、モダンアプリケーションの配信に対応することを目的とした高度なリクエストルーティングで HTTP と HTTPS のトラフィックを負荷分散し、ネットワークを保護します。

AWS では、Vertex は手作業によるメンテナンスを減らしながら、プロセスの効率、スケーラビリティ、費用対効果を高めることができました。また、AWS で構築するということは、データセンターのハードウェアの調達に伴う数か月にわたるリードタイムなしに、同社が最新のコンピューティングおよび GPU のリソースにアクセスできることも意味します。例えば、Vertex は、CPU、ホストメモリ、GPU 容量の強力な組み合わせを提供する Amazon EC2 G5 インスタンスを実行しています。cryo-EM プロセスをクラウドで実行することで、科学者はほぼリアルタイムで分析できます。Vertex は、顕微鏡の使用に伴って多額のコストが発生する時間をより効率的に使用し、科学的な進歩を促進します。