只需幾條命令列,即可在幾分鐘內在 AWS 上設定工作流程引擎,例如 Cromwell 和 Nextflow,而無需變更現有程式碼或修改開放原始碼基因體工具。
自動執行耗時的任務,例如設定和部署工作流程引擎、建立資料存取政策以及調校運算叢集以實現大規模營運。
在更短的時間內以更高的規模執行基因體工作流程,從而減少獲得有用洞察 (如變異識別和疾病診斷) 的時間。
不再主動維護 Amazon 基因體學 CLI 專案代碼,而 Github 儲存器將於 2024 年 5 月 31 日起封存。如果您正在尋找執行基因體工作流程的服務,建議您探索 AWS HealthOmics,或聯絡您的 AWS 客戶團隊尋求替代解決方案。
運作方式
Amazon Genomics CLI 是面向基因體和生命科學客戶的開放原始碼工具,可簡化和自動化雲端基礎設施的部署,為您提供易於使用的命令列介面,以便在由 WDL 等語言指定的 Amazon Web Services (AWS) 上快速設定和執行基因體工作流程。透過消除在雲端中設定和執行基因體工作流程的繁重工作,軟體開發人員和研究人員可以自動佈建、設定和擴展雲端資源,以實現更快、更具成本效益的群體層面遺傳學研究、藥物發現週期等。
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使用案例
精準醫學
啟用基因體定序資料分析並將結果應用於臨床環境以改善人類健康。在群體層面,確定在病原體爆發期間容易出現特定健康問題的群體或攜帶者。
藥物發現和開發
利用人類遺傳學和基因功能知識來開發預防性治療方式和新藥發現。
環境基因體
使用基因體定序資料來描述生物多樣性特徵,監測生態系統變更,並模擬生物體如何在基因水平上對環境水平變化作出回應的預測。